Giữa tháng 11 năm 2005, Trung tâm Nghiên cứu Beethoven, thuộc Đại học San Jose (Hoa Kỳ) chính thức tuyên bố đã tìm ra hộp sọ của Beethoven. Đây là tài sản thừa kế của nhà doanh nghiệp Paul Kaufmann (người gốc Áo, hiện đang sống tại Danville, California, Hoa Kỳ).

Chiếc hộp sọ này gồm 13 mảnh (2 mảnh lớn phía sau sọ, 11 mảnh nhỏ) được khai quật năm 1863 rồi được cất giữ tại Pháp trước khi được chuyển giao cho Paul Kaufmann vào năm 1990.

Qua nghiên cứu hộp sọ (có so sánh DNA với các mẫu tóc của Beethoven), một số giả thuyết về cái chết của Beethoven đã bị bác bỏ (bệnh Crohn) hoặc được củng cố (hàm lượng chì cao).